16 января 2016 года ЗАО «Банк Компаньон» стало участником системы защиты депозитов Кыргызской Республики. Система государственного гарантирования обеспечивает защиту сбережений населения, размещаемых во вкладах ЗАО «Банк Компаньон». Данные механизмы защиты реализуются в соответствии с Законом Кыргызской Республики «О защите банковских вкладов (депозитов)», согласно которому, при наступлении гарантийного случая вкладчикам выплачивается компенсация до 100 тысяч сомов, включая проценты по депозитам.